A határon átnyúló nemzeti park kialakítását célzó tárgyalások 1988. őszén kezdődtek meg. A tárgyalások eredményeképpen Magyarországon 1991-ben alakították meg a Fertő-táj teljes hazai felét magában foglaló Fertő-tavi Nemzeti Parkot, míg 1992-ben Ausztriában a Nationalpark Neusiedler See-Seewinkel-t (Kárpáti 2002). A határon átnyúló közös nemzeti parkot végül 1994-ben avatták fel. A magyar oldalon több bővítés történt, 1994-ben csatolták az 1976-ban alapított Hansági Tájvédelmi Körzetet a nemzeti parkhoz (ekkortól hívják a nemzeti parkot a magyar oldalon Fertő-Hanság Nemzeti Parknak), majd 1999-ben a Répce-menti területeket. A Fertő-Hanság Nemzeti Park területe hazánkban ma 23 731 ha, míg Ausztriában 10 500 ha.
A Fertő-Hanság Nemzeti Park mozaikos szerkezetű, azaz a védett területek nem alkotnak összefüggő, egységes területet. Jelentősebb területei a Fertő-táj, a Hanság, a Tóköz, valamint a Répce-menti területek. A Fertő-Hanság Nemzeti Park zónái a Világ Természetvédelmi Unió (IUCN) elveinek megfelelően került kialakításra. A területnek mintegy harmadát teszi ki az ún. természeti övezet, ahol elsősorban a természeti folyamatok érvényesülnek. Ezen az övezeten belül gazdasági tevékenység nem folytatható, a kezelés részeként végzett munkák kizárólag az élővilág érdekében folynak. Ezt veszi körül az ún. kezelt természeti övezet, ahol extenzív területhasználat biztosítja a természeti értékek megőrzését. A külső, ún. bemutató övezetben van lehetőség a hagyományos területhasználat mellett a területek természeti értékeinek bemutatására. A Fertő-Hanság Nemzeti Park egyes területei nemzetközi egyezmények alá is tartoznak.